Johannes Schlaefli begann seine Musikerlaufbahn als Oboist. Dirigieren lernte er zum grossen Teil autodidaktisch. Dabei erhielt er wichtige Impulse von den Dirigenten Erich Schmid, Mario Venzago, Leonard Bernstein, Kirk Trevor und anderen. Als Gastdirigent leitete Johannes Schlaefli zahlreiche Orchester wie das Tonhalle-Orchester Zürich, das Berner Sinfonie-Orchester, das Orchestra della Svizzera Italiana, das Indianapolis Chamber Orchestra, die Prager Kammerphilharmonie, die Hong Kong Sinfonietta, das Orchester São Paulo, die Janacek-Philharmonie Ostrava und viele andere.
Während 15 Jahren war er Leiter des Kammerorchesters Basel und massgeblich an dessen Aufbau beteiligt. 1984 übernahm Johannes Schlaefli die Leitung des Akademischen Orchesters Zürich. Seit 1995 ist er Chefdirigent des Berner Kammerorchesters. Heute ist er Professor für Orchesterleitung an der Zürcher Hochschule der Künste ZHdK, Gastdozent u.a. am Royal Northern College in Manchester und beim Dirigentenforum des Deutschen Musikrates und betreut eine internationale Sommer-Akademie im tschechischen Teplice.
